こんな事をポストしたのですが、ChatGPT先生に相談して、それっぽいものが出来たので、まずは、ショートコード経由でPHPファイルをを呼び出し方をざっくり解説しようかと思います。（自分用のメモが主な目的なので、参考程度にお願いします。）

PHPコードを呼び出したい場所にショートコードブロックを設定

[myphp file = ‘post-list’]

functions.phpにコードを記述

//ショートコード経由でPHPコードを呼び出す
function my_php_include($params)
{
	$file = sanitize_file_name($params['file'] ?? 'default');
	$file_path = get_stylesheet_directory() . "/php-code/{$file}.php";　

	if (!file_exists($file_path)) return '';

	ob_start();
	include $file_path;
	return ob_get_clean();
}
add_shortcode('myphp', 'my_php_include'); 

これで、テーマファイル直下のphp-codeのフォルダの中のpost-list.php中のコードをショートコードブロックの場所に呼び出す事になります。
ショートコードブロックの記述で、呼び出したいファイル名post-listを引数で渡して、functions.phpでそのファイルが可能されているフォルダphp-codeを指定している感じでしょうか。

呼び出されるPHPファイルにコードを記述

<!-- ループ外で記事のタイトルを取得 -->
<?php single_post_title();

呼び出し元のファイルのコードを記述します。上記の場合、記事のタイトルを表示するコードをショートコード経由で呼び出す事ができます。

問題点

この方法、私も良く使っていますし、メジャーな手法だと思いますが、ブロックエディタからPHPファイルを変更できない（コンテンツがブラックボックス化する）問題があるのかなと。カスタムブロックとか作れれば解決するのかな。